故事發(fā)生在近未來的日本，一個(gè)叫疏瀨的城市中。市民們過著平凡的生活，只不過在城市的一角，山岡上矗立著外形酷似熨斗的醫(yī)療機(jī)器制造廠，每到固定時(shí)刻，那個(gè)工廠都會(huì)像剛燙完東西一樣散發(fā)出大量的蒸汽。小學(xué)六年級學(xué)生直太，高中女生真見美，直太留學(xué)的哥哥的女友，三個(gè)人一起在河邊打發(fā)時(shí)間。本該一如往常的日子，隨著傳說中的蜜蜂女——睛子駕駛的機(jī)車撞上直太而結(jié)束了。直太頭上長出了奇怪的角，而睛子居然成為了直太家的傭人？！睛子的秘密與她常念起的“FLCL”的含義，令直太的生活有了翻天覆地的改變。