《命運(yùn)石之門：負(fù)荷領(lǐng)域的既視感》是《命運(yùn)石之門》系列的第一部劇場版動畫電影，于2013年4月20日在日本上映。

故事發(fā)生在岡部倫太郎到達(dá)命運(yùn)石之門世界線后的一年。這條世界線中，真由理沒有死，紅莉棲也沒有遇害，是一個(gè)沒有時(shí)間機(jī)器和D-mail的世界。然而，岡部存在于這條世界線上已經(jīng)十分不穩(wěn)定。

此前，岡部為了拯救紅莉棲和真由理，在無數(shù)世界線中漂流，經(jīng)歷了無數(shù)次回到過去的嘗試，這給他帶來了極大的心靈負(fù)擔(dān)。他擁有命運(yùn)探知（Reading Steiner）的能力，能感知到世界線的變動，其他世界線的記憶不斷給他造成負(fù)擔(dān)，使他難以停留在這條世界線里，最終從這個(gè)世界線中消失，仿佛從來沒有存在過一樣。

而紅莉棲因?yàn)閷康南?，開始追尋他的蹤跡。她發(fā)現(xiàn)了岡部存在過的痕跡——既視感，這深深印刻在大家的記憶里。

原來，在這條不穩(wěn)定的世界線附近，存在一條名為r的封閉線路。當(dāng)岡部的記憶出現(xiàn)混亂時(shí)，他就會去到r線，而在原本的世界線中則完全沒有他的痕跡。

為了找回岡部，紅莉棲回到過去。她通過時(shí)間機(jī)器回到五年前，此時(shí)的岡部還是個(gè)青澀少年。在真由理的祖母去世后，岡部來到電車站臺前的長椅處，正巧遇到了失落的紅莉棲。紅莉棲向他講述了狂人科學(xué)家“鳳凰院兇真”的故事，而這個(gè)故事原本是岡部從電視上了解到的。通過紅莉棲的穿越講述，岡部對此的信息源發(fā)生了改變，但都延續(xù)了他中二的性格特征。

紅莉棲的這一舉動，給岡部留下了這條世界線中絕無僅有的記憶，將他從眾多世界線的混亂記憶中解放出來。最終，岡部成功回到了命運(yùn)石之門世界線。

具體情節(jié)如下：
岡部自我到達(dá)“命運(yùn)石之門”世界線一段時(shí)間后，助手為參與學(xué)術(shù)研討會回國。眾人相聚，岡部依然中二，他與助手日常拌嘴。之后岡部買東西回來，一個(gè)盒子從他口袋滑落，里面是為助手準(zhǔn)備的禮物——刀子和叉子。在這條世界線中助手從未向任何人透露過自己的小心思，但岡部的話讓她開始相信。之后岡部把店長當(dāng)成α線中SERN的情報(bào)人員，拿起刀架在其脖子上并讓助手啟動時(shí)間機(jī)器。岡部發(fā)覺這種記憶混亂狀態(tài)愈發(fā)嚴(yán)重，而真由理的安慰為后面的情節(jié)埋下伏筆。接著，一名不速之客闖入助手的酒店客房，讓她記下“手機(jī)、微波爐、SERN”三個(gè)關(guān)鍵詞。助手洗衣服時(shí)遇到岡部，兩人打情罵俏后，岡部突然消失不見，其他人也逐漸忘記了他。研究所的創(chuàng)始人變成了桶子，001號成了無人使用的空號，連助手對岡部的印象也愈加模糊。直到助手吃泡面時(shí)發(fā)現(xiàn)岡部送的叉子，想起神秘人的提醒，她找到桶子并復(fù)原了穿越道具電話微波爐。她回到那晚的燒烤派對，發(fā)現(xiàn)處于游離態(tài)的岡部，從未來穿越回來的打工戰(zhàn)士阿萬音鈴羽告知了她真相。岡部得知自己可能永遠(yuǎn)消失，他讓助手忘了他，去迎接命運(yùn)石之門后的新生活。但助手不愿放棄，抱住岡部，兩人深情一吻。之后助手耐不住思念去見岡部最后一面，他就在自己眼前消失，胡椒博士汽水散落一地。之后打工戰(zhàn)士再次出現(xiàn)，她指出助手在未來仍會因抑制不住思念而造出時(shí)間機(jī)器。于是助手搭乘未來自己做的時(shí)間機(jī)器回到過去，來到五年前。當(dāng)時(shí)岡部正因祖母去世而不知如何面對傷心的青梅竹馬真由理，助手向他講述了“鳳凰院兇真”的故事。最后，岡部回歸，迎來美滿結(jié)局。