面積占東京都西部1/3、人口超過(guò)230萬(wàn)、八成以上由學(xué)生組成的學(xué)園都市，尖端科技發(fā)展迅速，超能力開(kāi)發(fā)已經(jīng)深入到城市的各個(gè)角落。超能力水平高達(dá)Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一樣和初春飾利（豐崎愛(ài)生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友過(guò)著平凡的日子，間或熱血爆發(fā)挫敗各種擾亂城市的陰謀。某天，在調(diào)查一起現(xiàn)今卡事件時(shí)她邂逅了長(zhǎng)點(diǎn)上機(jī)學(xué)園的布束砥信（葉山郁美 配音），從而得知用美琴的DNA大批量復(fù)制超能力者的“量產(chǎn)型能力者計(jì)劃”。不安定的氣氛在都市角落肆意蔓延……
本片為鐮池和馬（原作）、冬川基（作畫(huà)）的原作《魔法禁書(shū)目錄》的外傳漫畫(huà)第二季TV動(dòng)畫(huà)。