在遙遠(yuǎn)的未來，銀河的盡頭。人類正與異形的怪生命體展開生存之戰(zhàn)。在激戰(zhàn)中，少年兵雷德與其乘坐的人型機動兵器Chamber 一起被吞入了不明的時空。 被海洋包圍的地球此時已經(jīng)是一片汪洋，地球上的人類們靠乘坐巨大的船只移動，同時不斷地打撈著舊文明留在海底的物品生存。被船隊搭救的雷德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于語言、文化、習(xí)慣等的不同，雷德對未知的環(huán)境感到非常困惑。但無可避免的他必須去學(xué)會如何與Gargantia上的人們共同生活，其中還包括少女艾米。